Публикации

Towards embedding caco-2 model of gut interface in a microfluidic device to enable multi-organ models for systems biology / D. Sakharov, D. Maltseva, E. Knyazev et al. // BMC Systems Biology. — 2019. — Vol. 13, no. Suppl 1. — P. 19. BACKGROUND: A cancer cell line originating from human epithelial colorectal adenocarcinoma (Caco-2 cells) serves as a high capacity model for a preclinical screening of drugs. Recent need for incorporating barrier tissue into multi-organ chips calls for inclusion of Caco-2 cells into microperfused environment. RESULTS: This article describes a series of systems biology insights obtained from comparing Caco-2 models cells grown as conventional 2D layer and in a microfluidic chip. When basic electrical parameters of Caco-2 monolayers were evaluated using impedance spectrometry and MTT assays, no differences were noted. On the other hand, the microarray profiling of mRNAs and miRNAs revealed that grows on a microfluidic chip leads to the change in the production of specific miRNA, which regulate a set of genes for cell adhesion molecules (CAMs), and provide for more complete differentiation of Caco-2 monolayer. Moreover, the sets of miRNAs secreted at the apical surface of Caco-2 monolayers grown in conventional 2D culture and in microfluidic device differ. CONCLUSIONS: When integrated into a multi-tissue platform, Caco-2 cells may aid in generating insights into complex pathophysiological processes, not possible to dissect in conventional cultures. KEYWORDS: 2D layer; Caco-2 cell lines; Microfluidic chip; On-the-chip models. [ DOI ]

Применение импедансной спектроскопии и транскриптомного анализа для мониторинга роста клеток хориокарциномы человека bewo b30 / С. В. Никулин, Е. Н. Князев, Т. Н. Герасименко и др. // Молекулярная биология. — 2019. — Т. 53, № 3. — С. 467–475. Плацента – высокоспециализированный орган, играющий ключевую роль во время беременности. На сегодняшний день существует несколько различных моделей плацентарного барьера, используемых для изучения транспорта ксенобиотиков и других механизмов функционирования плаценты. Клетки хориокарциномы человека BeWo широко используются для создания in vitro моделей плацентарного барьера человека. Однако эти клетки не подвержены действию контактного ингибирования и способны образовывать многослойные структуры, которые в норме не встречаются в человеческой плаценте. Цель данной работы – поиск различных маркеров, позволяющих следить за ростом клеток BeWo b30 на мембранной подложке, для чего впервые применена импедансная спектроскопия. Проведенные теоретические расчеты и полученные экспериментальные данные свидетельствуют в пользу того, что электрические параметры клеток, измеренные методом импедансной спектроскопии, позволяют оценивать число клеточных слоев. По результатам транскриптомного анализа обнаружено значимое повышение экспрессии генов металлотионеинов (особенно MT1B, MT1F и MT2A) и синцитинов (ERVW-1 и ERVFRD-1) в зрелых клетках BeWo b30. [ DOI ]

Савельев и. И., Захаров Д. Ю., Бурыкин А. Д. Разработка стратегии привлечения клиентов и управления взаимоотношениями с ними на предприятии // Экономика и управление: проблемы, решения. — 2018. — Т. 3, № 9. — С. 48–58.

Divergent immunomodulation capacity of individual myelin peptides-components of liposomal therapeutic against multiple sclerosis / V. V. Ivanova, S. F. Khaiboullina, M. O. Gomzikova et al. // Frontiers in immunology. — 2017. — Vol. 8, no. OCT. [ DOI ]

mirna-mediated expression switch of cell adhesion genes driven by microcirculation in chip / T. R. Samatov, V. V. Galatenko, N. V. Senyavina et al. // Biochip Journal. — 2017. Changes in cell adhesion molecule (CAM) expression and miRNAs regulating them are known to be involved in malignant progression in colon cancer. We investigated expression profiles of CAM genes and non-coding RNAs in CaCo2 colon cancer cells in static culture and under dynamic flow conditions perfused in microfluidic chip emulating physiological microenvironment. We incubated monolayers of CaCo2 cells in Transwell® units either under static conditions or under flow in a microfluidic chip. We identified 7 up-regulated CAM genes (CD44, CDH7, CEACAM5, CEACAM6, CYR61, L1CAM and VCAN), 7 down-regulated genes (COL12A1, FGA, FGB, FGG, GJA1, ITGA5 and LAMA1) and 69 miRNAs targeting them under the influence of microcirculation. The revealed network comprised CAM genes known to interact with each other and 13 miRNAs simultaneously regulating more than one of them. The discovered regulatory network comprising CAM genes and miRNAs is likely involved in normal functioning of intestine epithelium as well as in cancer progression. [ DOI ]

ГДЕ РОЖДАЮТСЯ ИННОВАЦИИ: РАЗРАБОТКИ МЕНДЕЛЕЕВСКОГО УНИВЕРСИТЕТА ДЛЯ ТЕХНОЛОГИЧЕСКОГО РАЗВИТИЯ РОССИИ / А. Г. Мажуга, Т. Г. Гусева, М. А. Сиротина и др. // Вестник химической промышленности. — 2017. — С. 52–53.

Development of a recombinant immunotoxin for the immunotherapy of autoreactive lymphocytes expressing mog-specific bcrs / A. Stepanov, A. Belyy, I. Kasheverov et al. // Biotechnology Letters. — 2016. — Vol. 38, no. 7. — P. 1173–1180. [ DOI ]

Development of a recombinant immunotoxin for the immunotherapy of autoreactive lymphocytes expressing mog-specific bcrs / A. Stepanov, A. Belyy, I. Kasheverov et al. // Biotechnology Letters. — 2016. — Vol. 38, no. 7. — P. 1173–1180.

Синтез, оптимизация методов получения наночастиц магнетита различного размера и морфологии для биологического применения / Н. В. Пулькова, С. А. Тоневицкая, В. М. Герасимов и др. // Российские нанотехнологии. — 2015. — Т. 10, № 7-8.

A dynamic multi-organ- chip for long-term cultivation and substance testing proven by 3d human liver and skin tissue co-culture / W. Ilka, M. Eva-Maria, B. Sven et al. // Lab Chip. — 2013. — Vol. 13, no. 18. — P. 3538–3547.

Dynamically regulated mirna-mrna networks revealed by exercise / A. G. Tonevitsky, D. V. Maltseva, A. Abbasi et al. // BMC Physiology. — 2013. — Vol. 13. — P. 9:1–9:11. Background MiRNAs are essential mediators of many biological processes. The aim of this study was to investigate the dynamics of miRNA-mRNA regulatory networks during exercise and the subsequent recovery period. Results Here we monitored the transcriptome changes using microarray analysis of the whole blood of eight highly trained athletes before and after 30 min of moderate exercise followed by 30 min and 60 min of recovery period. We combined expression profiling and bioinformatics and analysed metabolic pathways enriched with differentially expressed mRNAs and mRNAs which are known to be validated targets of differentially expressed miRNAs. Finally we revealed four dynamically regulated networks comprising differentially expressed miRNAs and their known target mRNAs with anti-correlated expression profiles over time. The data suggest that hsa-miR-21-5p regulated TGFBR3, PDGFD and PPM1L mRNAs. Hsa-miR-24-2-5p was likely to be responsible for MYC and KCNJ2 genes and hsa-miR-27a-5p for ST3GAL6. The targets of hsa-miR-181a-5p included ROPN1L and SLC37A3. All these mRNAs are involved in processes highly relevant to exercise response, including immune function, apoptosis, membrane traffic of proteins and transcription regulation. Conclusions We have identified metabolic pathways involved in response to exercise and revealed four miRNA-mRNA networks dynamically regulated following exercise. This work is the first study to monitor miRNAs and mRNAs in parallel into the recovery period. The results provide a novel insight into the regulatory role of miRNAs in stress adaptation. [ DOI ]

Метод флуоресцентного мониторинга жизнеспособности клеточных моделей кожи в условиях микробиореактора / Е. В. Трушкин, И. А. Сергачев, Н. П. Петрова и др. // Биотехнология. — 2013. — Т. 1. — С. 91–96.

Оценка потенциальных референсных генов для нормализации данных ПЦР-РВ в экспериментах с клетками линии hela / Н. А. Крайнова, Н. А. Хаустова, Д. C. Макеева и др. // Биотехнология. — 2013. — № 1. — С. 42–50. Основным критерием выбора гена в качестве референсного для нормализации данных ПЦР в режиме реального времени является постоянство уровня его экспрессии во всех рассматриваемых в ходе исследования условиях. В данной работе основные методы изучения стабильности экспрессии потенциальных референсных генов (Delta-Ct, geNorm, qBase и эквивалент-тест Халлера) были применены в отношении одной из наиболее широко используемых в современных исследованиях клеточных моделей — линии HeLa. Оценивалась стабильность экспрессии семи генов-кандидатов — HPRT1, ACTB, GAPDH, RPS18, HSPC3, UBC и SDHA — в стандартных условиях, в условиях теплового шока и в процессе релаксации. По совокупным результатам всех использованных методов гены RPS18 и HSPC3, обладающие наибольшей стабильностью экспрессии в рамках использованной модели, были выбраны в качестве референсных.

Современные технологии in vitro тестирования: микробиореактор / Н. В. Сенявина, Е. В. Трушкин, А. Л. Русанов и др. // Биотехнология. — 2013. — Т. 1. — С. 51–58.

Соотношение концентраций пуриновых метаболитов в сыворотке крови у беременных женщин / Н. В. Сенявина, С. А. Хаустова, Д. А. Сахаров и др. // Биотехнология. — 2013. — № 4. — С. 83–89.

Passing the anaerobic threshold is associated with substantial changes in the gene expression profile in white blood cells / D. A. Sakharov, D. V. Maltseva, E. A. Riabenko et al. // European Journal of Applied Physiology. — 2012. — Vol. 112, no. 3. — P. 963–971.

‘human-on- a-chip’ developments: A translational cuttingedge alternative to systemic safety assessment and efficiency evaluation of substances in laboratory animals and man? / M. Uwe, W. Heike, H. Silke et al. // Atlanta. — 2012. — Vol. 40. — P. 235–257.

Killer cell immunoglobulin-like receptors and exercise / D. V. Maltseva, D. A. Sakharov, E. A. Tonevitsky et al. // Exercise Immunology Review. — 2011. — no. 17. — P. 150–163.

Гены, потенциально ассоциированные с устойчивостью клеток рака легкого к Паклитакселу / К. Н. Кашкин, Е. А. Мусаткина, А. В. Комельков и др. // Доклады Академии наук. — 2011. — Т. 437, № 6. — С. 1–5.

Гены, потенциально ассоциированные с устойчивостью клеток рака легкого к цисплатину / К. Н. Кашкин, Е. А. Мусаткина, А. В. Комельков и др. // Доклады Академии наук. — 2011. — Т. 438, № 6. — С. 1–5.

Экзогенные белки в конденсате выдыхаемого человеком воздуха / В. С. Курова, А. С. Кононихин, И. А. Попов и др. // Биоорганическая химия. — 2011. — Т. 31, № 1. — С. 55–60.

Relationship between lactate concentrations in active muscle sweat and whole blood / D. A. Sakharov, M. U. Shkurnikov, M. Y. Vagin et al. // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. — 2010. — Vol. 150, no. 1. — P. 83–85. Lactate (lactic acid) concentrations in sweat and venous and capillary blood of athletes were measured before and after exercise of the maximum aerobic power. Correlations between the increment of blood and sweat lactate concentrations were found. Lactate concentrations in the sweat can be used for evaluation of changes in blood lactate levels. [ DOI ]

Sol-gel immobilization of lactate oxidase from organic solvent: Toward the advanced lactate biosensor / E. I. Yashina, A. V. Borisova, E. E. Karyakina et al. // Analytical Chemistry. — 2010. — Vol. 82, no. 5. — P. 1601–1604. We report oil the novel protocol for enzyme immobilization into gel of siloxanes using water-organic mixtures with the high content of organic solvent as a reaction medium. Hydrolysis of alkoxysilanes carried out without excessive dilution with water resulted in more active and stable enzyme containing membranes. Immobilization of ail inherently labile lactate oxidase according to the proposed sol-gel protocol over Prussian Blue modified electrode resulted in ail advanced lactate biosensor characterized with a sensitivity of 0.18 AM(-1) cm(-2) in the flow injection analysis (FIA) mode over a wide dynamic range. A comparison with the known sensors has shown that analytical performances of the elaborated lactate biosensor are advantageous over both published systems and commercialized devices. The biosensor shows an appropriate stability and is suitable for clinical analysis (including noninvasive diagnostics) and food quality control. [ DOI ]

Взаимосвязь концентраций лактата в поте активной мышцы и в цельной крови / Д. А. Сахаров, М. Ю. Шкурников, М. Ю. Вагин и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2010. — Т. 150, № 7. — С. 94–96.

Длительные физические нагрузки приводят к увеличению концентрации кошаперона белка теплового шока с молекулярной массой 70 кД - СБ1 / Е. С. Гребенюк, Т. В. Ступникова, Д. А. Сахаров и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2010. — Т. 149, № 5. — С. 574–578.

Экспрессионное профилирование и предполагаемые механизмы устойчивости к доксорубицину клеток рака легких человека / К. Н. Кашкин, Е. А. Мусаткина, А. В. Комельков и др. // Доклады Академии наук. — 2010. — Т. 430, № 3. — С. 412–415.

Экспрессия рецепторов натуральных киллеров kir2dl3 и kir2ds2 при физических нагрузках / В. А. Шлепцова, Е. С. Гребенюк, С. А. Хаустова и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2010. — Т. 149, № 6. — С. 695–698.

Изменение профиля экспрессии генов регуляторов сплайсинга в ответ на физические нагрузки / Е. А. Тоневицкий, Е. В. Трушкин, М. Ю. Шкурников и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2009. — Т. 147, № 6. — С. 674–678.

Кратковременный высокоинтенсивный физиологический стресс вызывает увеличение экспрессии белка теплового шока в лейкоцитах человека / Д. А. Сахаров, А. В. Степанов, М. Ю. Шкурников, А. Г. Тоневицкий // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2009. — Т. 147, № 3. — С. 335–340.

Detection of recombinant growth hormone in human plasma by a 2-d page method / M. Kohler, K. Puschel, D. Sakharov et al. // Electrophoresis. — 2008. — Vol. 29, no. 22. — P. 495–502.

Сахаров Д. А., Тевис М., Тоневицкий А. Г. Анализ основных изоформ гормона роста человека до и после интенсивных физических нагрузок // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2008. — Т. 146, № 10. — С. 446–450.

Свободный тестостерон как маркер адаптации к нагрузкам средней интенсивности / М. Ю. Шкурников, А. Е. Донников, Д. А. Сахаров и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2008. — Т. 146, № 9. — С. 330–332.

Production of reactive oxygen species in mitochondria of hela cells under oxidative stress. b.v.chernyak, d.s.izyumov, k.g.lyamzaev, a.a.pashkovskaya, o.y.pletjushkina, y.n.antonenko, d.v.sakharov / B. V. Chernyak, D. S. Izyumov, K. G. Lyamzaev et al. // Acta Biochimica et Biophysica Sinica. — 2006. — Vol. 1757. — P. 525–534. [ DOI ]

Rhodium-calix[6]arene diphosphite complex as olefin hydroformylation catalyst / E. A. Karakhanov, Y. S. Kardasheva, E. A. Runova et al. // Petroleum Chemistry. — 2006. — Vol. 46, no. 4. — P. 264–268. A rhodium-calix[6]arene diphosphite complex was used as a catalyst in the hydroformylation reaction of linear alkenes and styrenes. The influence of P/Rh and substrate/catalyst ratios, as well as temperature and pressure, on the aldehyde yield and the regioselectivity of the process was studied. The complexation of calix[6]arene diphosphite with Rh(acac)(CO)2 was studied by 1H and 31P NMR spectroscopy and atmosphericpressure electrospray ionization (AP-ESI) mass spectrometry. [ DOI ]

Supramolecular catalysts on the basis of molecules-receptors / A. L. Maksimov, D. A. Sakharov, T. Y. Filippova et al. // Industrial and Engineering Chemistry Research. — 2005. — Vol. 44, no. 23. — P. 8644–8653. A number of supramolecular catalysts based on metal complexes of calix[4] arenes and cyclodextrins have been designed. The modified β-cyclodextrins or calix[4]arenes possessing a hydrophobic host cavity were found to be very efficient as mass-transfer promoters for the biphasic Wacker oxidation of higher olefines in water or ionic liquids. Palladium complexes with such ligands showed high substrate selectivity and chemiselectivity to methyl ketones. The resorcinarene iron complexes were active in the hydroxylation of phenol with a high selectivity to catechol and hydroquinone. © 2005 American Chemical Society. [ DOI ]

Показать все