Кафедра биотехнологии РХТУ им. Д.И. Менделеева создана в 1977 году профессором, д.х.н. Манаковым Михаилом Николаевичем и к середине 1980-х годов стала авторитетным центром научных исследований, базой подготовки кадров для промышленной биотехнологии. Основными направлениями деятельности кафедры являются исследование микробных популяций, культур животных и растительных клеток, комплексная переработка возобновляемого сырья и микробной биомассы в продукты различного назначения, экобиотехнологическое направление. Исследования, проводимые на кафедре, служат основой для внедрения экономически эффективных, экологически чистых биотехнологий. Выпускники кафедры работают в ведущих научных учреждениях и наукоемких предприятиях страны. В настоящее время должность заведующего кафедрой занимает профессор, д.т.н. Панфилов Виктор Иванович.

Мембранная технология разделения, очистки, концентрирования жидких и газовых сред в нашей стране была создана и развита в стенах Менделеевского университета с 60-х годов прошлого века. История кафедры, как и самой мембранной технологии, неразрывно связаны с именем Юрия Иосифовича Дытнерского (1925 - 2001) - доктором технических наук, профессором, заслуженным деятелем науки и техники РСФСР.
К настоящему моменту создана единственная на просторах нашей страны, включая бывшие республики СССР и страны Восточной Европы, кафедра мембранной технологии – школа подготовки молодых специалистов.

В 1983 году в МХТИ им. Д.И. Менделеева Г.А.Ягодиным была организована Кафедра промышленной экологии.
С первых лет своего существования кафедра стала одним из ведущих центров природоохранного движения и образования в стране, активно разрабатывающим концепцию нового научного и образовательного направления - промышленной экологии. За время существования кафедры ее работой руководили такие специалисты высокой квалификации, как член-корр. АН СССР Г.А. Ягодин, профессора Ю.А. Лейкин, В.А. Зайцев, В.В. Тарасов и Н.Е. Кручинина.
После объединения в начале 2013 года с кафедрой Технологии защиты биосферы и по сегодняшний день кафедру промышленной экологии возглавляет профессор Н.Е. Кручинина.